Целью деятельности Департамента является обеспечение доступной и качественной медицинской помощи населению Томской области.

Задачами деятельности Департамента являются:

- реализация стратегических и приоритетных направлений государственной политики в области здравоохранения;
- повышение эффективности функционирования системы здравоохранения;
- охрана здоровья населения Томской области;
- охрана здоровья матери и ребенка;
- снижение смертности от заболеваний;
- предупреждение распространения социально значимых заболеваний.