Вся клиническая и научная работа Б. И. Альперовича в Томске связана с Городской больницей №3, куда он пришел в 1969 г. заведующим кафедрой хирургии педиатрического факультета Томского медицинского института и проработал до конца своей жизни (2015 год). Тысячи оперированных пациентов обязаны ему не только здоровьем, но самой жизнью.

Созданный по инициативе Б. И. Альперовича «Зональный гепатологический центр» известен далеко за пределами Томской области. Лечиться «к Альперовичу» ехали пациенты из всех регионов Советского Союза, а теперь России и ближнего зарубежья. Одним из первых Б. И. Альперович внедрил в клиническую практику криохирургические методы лечения заболеваний печени. При его непосредственном участии была разработана, и внедрена в практику оригинальная криохирургическая аппаратура, отмеченная серебряной медалью ВДНХ и запатентованная во многих странах мира в т. ч. в США, Великобритании, Германии, Италии, Японии и др.

Борис Ильич Альперович автор 24 Патентов на изобретения в области хирургии печени и желчных путей. Работы Б. И. Альперовича широко известны не только в России, но и за рубежом. Он неоднократно выступал с докладами на международных конгрессах хирургов в Гонконге, Лиссабоне, Стокгольме, Болонии, Мадриде, Вене.

Борису Ильичу принадлежат 420 научных публикаций, 18 монографий, в том числе руководства «Хирургия печени», «Хирургия печени и желчных путей», «Руководство по хирургии очаговых паразитарных заболеваний печени», «Механическая желтуха» и др. Он умело сочетал напряженную лечебную и научную деятельность с педагогической работой.

Только незаурядным личностям, обладающим сильным характером, даром предвидения, талантом организатора, беспрекословным авторитетом у коллег, дано оставлять после себя столь плодотворный след.

Профессор, доктор медицинских наук, заслуженный врач РСФСР и Якутии, заслуженный деятель науки РФ, лауреат Государственной премии РФ, академик Академии естественных наук, действительный член Международного общества хирургов, действительный член Международного общества гепатопанкреатобилиарной хирургии, почетный гражданин г. Томска, награждён Орденом «Знак Почёта» (1961), медалью «Ветеран труда» (1983), 2 серебряными медалями ВДНХ, Орденом «Дружбы народов» (1986), Орденом Почёта (2004), Знаком отличия «За заслуги перед Томской областью» (2007), знаком отличия «Гражданская доблесть» (2007) – все это лишь малый перечень вех служебного и профессионального признания Б. И. Альперовича.

26.12.2016 г. Городской клинической больнице №3 было присвоено имя Б. И. Альперовича