В 1986 г. Сибирский филиал Всесоюзного онкологического научного центра преобразован в самостоятельный научно-исследовательский институт онкологии Томского научного центра СО РАМН. С 1994 г. институт входит в состав Европейской организации противораковых институтов (OECI).